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2011年2月11日，穆巴拉克在国内持续示威和反对声音中宣布辞去总统职务，并将权力移交给军方。他说，穆巴拉克已经授权武装部队最高委员会掌管国家事务。穆罕默德?侯赛因?坦塔维作为武装部队最高委员会最高领导人，成为埃及实际的统治者。武装部队最高委员会承诺尽快启动还权于民、军队返回军营等政治进程。

埃及武装部队最高委员会代表着埃及武装部队各个分支的领导人以及参谋长和国防部长。其由20名埃及军方的资深人员构成。尽管执政者换人，但军队领导的状况并没有改变。

由于管理混乱，半年内进行总统选举的目标一直未能实现。埃及民众推翻旧政权的喜悦很快变成挫败感。“拯救革命”、“清除穆巴拉克政权残余”、“民族团结”、“结束军统、还政于民”等口号喊了一整年，示威群众又开始重新集结在开罗解放广场附近。

迫于压力，由武装部队最高委员会任命的过渡政府总理在一年内更换了三任。但仍未能停止民怨。“革命在最初的18天里很伟大”，一名埃及妇女说， “但是革命已经不再，现在有的只是混乱”。革命之后的埃及人，并没有感觉到明显的变化，混乱仍然在延续。

军政府掌控政权以来，埃及经济重振乏力，高失业率以及高通胀严重挤压民众的生活空间，同时，对于向民选政府移交权力一事被多次延宕，民众甚至认为正是军政府在使用各种不光彩的手段阻挠民选政府的形成，以达到继续掌控国家权力的目的。

过渡政府的效率低下，结构改革的不利，与示威民众对改变埃及长时间军政府统治状态的诉求南辕北辙。民众的不满也越来越大。

2012年5月23日，姗姗来迟的埃及总统第一轮选举终于得以进行。投票的结果却令人大跌眼镜。穆斯林兄弟会候选人穆尔西和穆巴拉克的旧党、前总理沙菲克分获前两名，携手进入决胜轮。这意味着，埃及新一任总统将在这两人之中产生。若穆尔西当选，民众担忧穆斯林兄弟会的强势回归会把这个国家带到以宗教为标准的倒退。而沙菲克上台，则等于宣布革命没有效用，又回到了穆巴拉克模式。


2012年6月19日，埃及穆斯林兄弟会总统候选人穆尔西宣布自己在第二轮总统选举中获胜。而在前一天，埃及武装部队最高委员会修改了《宪法宣言》，赋予了军队前所未有的政治权力。其中有“总统只有在武装部队最高委员会批准后才能对外宣战”、“在新议会选举产生前，埃及武装部队最高委员会代行议会职权”等条款，并且保留了武装部队的预算独立权。军方和穆斯林兄弟会的缠斗，给埃及的未来抹上了厚重的阴影。