稀土资源储量消耗过快、浪费严重。稀土资源过量开采，造成资源大量浪费，特别是南方离子型稀土矿是国家保护性开采的矿种，尽管国家和当地政府对稀土资源开发制定了一系列管理措施，但由于成本低，矿产品利润高，前些年到这次稀土企业环保核查之前，不少矿山企业仍采用被淘汰的落后开采技术生产，无证开采，非法盗采，超采，采富弃贫，采选回收率低，资源浪费严重，监管不利，乱采滥挖屡禁不止，给山区生态环境造成了严重破坏。
稀土采、选、冶炼“三废”和伴生钍、铀放射性元素污染严重。稀土采矿需剥离贫矿和废石，矿石破碎产生含钍、铀粉尘，选矿产生尾矿、废水，冶炼萃取分离由于使用的稀土精矿类型和工艺不同，产生含有害物质浓度不同的废气（SO2、HF、HCl、NH3等）、废水（含酸、碱、氨氮放射性元素等）和含放射性重金属废渣。由于环保治理成本高，大部分稀土生产企业环保治理和放射性防护设施不完善，有的小生产企业没有治理设施，生产过程中含放射性物质的废水、废气、废渣任意排放，污染大气、水源、土壤和厂区周围环境。有的企业排出的“三废”使粮食减产，庄稼死亡，居民健康受到危害，所以污染是严重的。