根据《增值税日常稽查办法》（国税发[1998]44号文）的有关规定，“增值税检查后的账务调整，应设‘应交税金－增值税检查调整’专门账户。凡检查后应调减账面进项税额或调增销项税额和进项税额转出的数额，借记有关科目，贷记本科目；凡检查后应调增账面进项税额或调减销项税额和进项税额转出的数额，借记本科目，贷记有关科目。”纳税人根据税务稽查的结果，对每一项纳税事项进行逐一调整，将涉及到的多纳或少纳增值税的事项记入“应交税金－增值税检查调整”的科目，同时对应记有关科目，然后得出“检查调整”账户的余额。此外，笔者根据实际工作需要，建议增设“应交税金－应交增值税（增值税检查调整）”账户，用于对应反映“应交税金－增值税检查调整”的结转数。现以商业企业（假定为增值税一般纳税人，且须进行逐期账务调整）为例，将常见的增值税检查调整方法列举如下：
1.增值税销项税的调整项目
（1）少计或不计收入的账务调整。主要包括由价外费用、逾期押金、未按规定冲红票、以旧换新销售、还本销售等经济事项而引起会计处理上少计或不计收入，达到少计销项税的目的。
若该收入属于本年度，可作如下的会计分录：
冲销原会计分录，同时记：
借：银行存款（或现金、应收账款、应收票据等）
贷：商品销售收入（或其他业务收入等）
应交税金――增值税检查调整
若该收入属于以前年度，可作如下的会计分录：
借：应付款账等
贷：以前年度损益调整
应交税金――增值税检查调整
（2）视同销售行为的账务调整。按照《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条规定：单位或个体经营者的下列行为，视同销售货物：
（一）将货物交付他人代销；
（二）销售代销货物；
（三）设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外；
（四）将自产或委托加工的货物用于非应税项目；
（五）将自产、委托加工或购买的货物作为投资，提供给其他单位或个体经营者；
（六）将自产、委托加工或购买的货物分配给股东或投资者；
（七）将自产、委托加工或购买的货物用于集体福利或个人消费；
（八）将自产、委托加工或购买的货物无偿赠送他人。
纳税人发生上述行为而未申报应交增值税的，应视为偷税行为。检查调整时，应针对不同情况分别作如下会计分录：
属于上述（一）、（二）、（三）三种情况的视同销售行为，且查补属于本年度增值税的，应作如下处理：
冲销原会计分录，同时记：
借：银行存款（或现金、应收账款、应收票据等）
贷：商品销售收入（或其他业务收入等）
应交税金――增值税检查调整
然后结转销售成本：
借：商品销售成本（或其他业务支出等）
贷：库存商品等
查补属于以前年度增值税的，应作如下处理：
借：应付帐款等
贷：以前年度损益调整
应交税金――增值税检查调整
属于上述（四）、（五）、（六）、（七）、（八）五种视同销售行为的，无论是属于本年度的，还是以前年度查补增值税，均应作如下会计处理：
借：在建工程（或固定资产、长期投资、应付利润、应付福利费、营业外支出等）
贷：应交税金――增值税检查调整
2.增值税进项税的调整项目
（1）违法抵扣行为的账务调整。《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定：“下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）购进固定资产；
（二）用于非应税项目的购进货物或者应税劳务；
（三）用于免税项目的购进货物或者应税劳务；
（四）用于集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（五）非正常损失的购进货物；
（六）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。”
对于违背上述第（一）条规定，将购入固定资产的进项税抵扣，无论是本年度或是以前年度查补增值税，均作如下会计分录调整：
借：固定资产（或在建工程等）
贷：应交税金――增值税检查调整
对于违背上述第（二）至（六）条规定，将购进材料、物资改变用途，非常损耗或者用于非应税项目的，而又未作进项税转出的，无论是本年度，还是以前年度发生的，均作如下会计分录：
借：在建工程（或固定资产、材料物资、应付福利费、待处理财产损益等）
贷：应交税金――增值税检查调整
（2）违规平销行为的账务调整。对未按国家税务总局《关于平销行为征收增值税问题的通知》有关规定申报纳税的，所发生的偷税，无论是本年度还是以前年度的行为，若所获补贴为货币资金的，可作如下会计分录调整：
借：银行存款（现金等）
贷：库存商品（或材料物资等）
应交税金――增值税检查调整
若所获的是物资补贴，则应作如下会计分录调整：
借：库存商品（或材料物资等）
贷：本年利润（或资本公积金等）
应交税金――增值税检查调整
（3）超前抵扣的账务调整。按照国家税务总局《关于加强增值税征收管理的通知》（国税发[1995]015号文）的规定：“增值税一般纳税人购进货物或应税劳务，其进项税额申报抵扣的时间，按以下规定执行：
（一）工业生产企业购进货物（包括外购所支付的运输费用），必须在购进的货物已经验收入库后，尚未验收入库的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣。
（二）商业企业购进货物（包括外购所支付的运输费用），必须在购进的货物付款后才能申报抵扣进项税额，尚未付款或尚未开出、承兑商业汇票的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣。
（三）一般纳税人购进应税劳务，必须在劳务费用支付后，才能申报抵扣进项税额，对接受应税劳务，但尚未支付款项的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣。”
纳税人违反上述规定而超前抵扣进项税的，若发生在1998年1月1日前，“增值税一般纳税人违反上述规定的，按偷税论处，一经查出，则应从当期进项税额中剔除，并在该进项发票上注明，以后不论其货物到达或验收入库，或支付款项，均不得计入进项税额申报抵扣。”（国税发[1995]015号文）这时，无论是本年度还是以前年度的行为，均作如下会计分录调整：
借：商品采购（或材料采购等）
贷：应交税金――增值税检查调整
同时：
借：库存商品（或材料物资等）
贷：商品采购（或材料采购等）
若纳税人1998年1月1日后，发生了上述超前抵扣行为，也按上述方法调账纳税，不按偷税处理。根据国家税务总局《关于税务行政处罚有关问题的通知》（国税发[1998]20号文）规定，当商业企业、购进劳务单位支付款项，工业企业购进货物验收入库后，仍可继续抵扣进项税，可作如下会计分录：
借：应交税金――增值税检查调整
贷：商品采购（或材料采购等）
同时，
借：商品采购（或材料采购等）
贷：库存商品（或材料采购等）
（4）用虚开的增值税专用发票发生抵扣行为的账务调整。国家税务总局《关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理的通知》（国税发[1997]134号文）规定：
一、受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行偷税的，应当依照《中华人民共和国税收征收管理法》及有关规定追缴税款，处以偷税数额五倍以下的罚款；进项税金大于销项税金的，还应调减基金留抵的进项税款。利用虚开的专用发票进行骗取出口退税的，应当依法追缴税款，处以骗税数额五倍以下的罚款。
二、在货物交易中，购货方从销售方取得第三方开具的专用发票，或者从销货地以外的地区取得专用发票，向税务机关申报抵扣税款或者申请出口退税的，应当按偷税、骗取出口退税处理，依照《中华人民共和国税收征收管理法》及有关规定追缴税款，处以偷税、骗税数额五倍以下的罚款。”
按照这个规定，纳税人无论是有意或无意地用虚开的增值税发票抵扣税款的，均视为偷税，应作如下会计分录调整：
借：商品采购（或材料采购等）
贷：应交税金――增值税检查调整
同时，
借：库存商品（或材料采购等）
贷：商品采购（或材料采购等）
（5）违规动用增值税期初存货已征税款行为的账务调整。按照有关规定：纳税人动用增值税期初存货已征税款，“自1998年7月起，企业申报抵扣期初存货已征税款，一律报省级国家税务局审批。”（国税发[1998]108号文）“对纳税人未经税务机关批准或不按税务机关确定的比例，擅自将期初存货的已征税款转入‘应交税金――应交增值税（进项税额）’科目中抵扣的，一经查出，应从当期进项税额中剔除，并不得再计入‘待摊费用――期初进项税额’科目中”。（财政部、国家税务总局《关于期初存货已征税款抵扣问题的通知》，财税字[1995]42号文）纳税人凡是违反上述规定，擅自非法申报抵扣增值税期初存货已征税款的，无论是本年度还是以前年度的行为，均作如下会计分录调整：
借：商品采购（或材料采购等）
贷：应交税金――增值税检查调整
同时记：
借：库存商品（或材料采购等）
贷：商品采购（或材料采购等）
经过上述一系列的账务调整后，再对“应交税金――增值税检查调整”科目进行汇总，结算出其余额，从而完成了税务调整的第一步。
3.余额的处理
对“应交税金――增值税检查调整”账户的余额，将根据其借方或贷方余额分别作如下会计处理：
若为借方余额时，可全部视为留抵进项税额，按借方余额数作如下会计分录：
借：应交税金――应交增值税（进项税额）
贷：应交税金――增值税检查调整
若“应交税金――增值税检查调整”账户为贷方余额，应结合以下情况分别作会计处理：
（1）若“应交税金――应交增值税”账户无余额，应按“应交税金――增值税检查调整”账户的贷方余额数，作如下会计处理：
借：应交税金――增值税检查调整
贷：应交税金――未交增值税
（2）若“应交税金――应交增值税”账户有借方余额，且等于或大于这个贷方余额，按贷方余额数，作如下会计处理：
借：应交税金――增值税检查调整
贷：应交税金――应交增值税（增值税检查调整）
（3）若“应交税金――应交增值税”账户有借方余额，但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额冲出，按其差额作如下会计处理：
借：应交税金――增值税检查调整
贷：应交税金――应交增值税
应交税金――未交增值税
通过对“检查调整”账户余额的处理，纳税人可以根据账户调整的结果，来判断其是否应该交纳增值税，以便履行纳税义务。
