1、税源监控难。个体经济由于其投入成本较小，形式、操作比较简单，经常变换经营品种范围，极易发生关、停、并、转，加之个体业户经营地点比较分散，停业、歇业也是家常便饭。税收管理员很难对其经营行为进行跟踪监控，在税收征管中容易形成“税难定、税难调、税难收” 的被动局面。

　　2、建立帐制难。目前，大多数个体业户中未建帐制，甚至没有简易记帐，这给征收征管工作带来了直接困难，其主要原因是个体业户纳税意识较为淡漠，缺乏相关的财务税收知识，建帐能力弱，并且受经济环境影响，在交易方式上多采用直接收取（支付）现金的方式，一般不需要正规发票。

　　3、税额核定难。即：对于定额征收的纳税户其应纳税额难以核定。目前大多数个体业户财务核算不规范，不但不设置帐簿。而且在进货时不索要发票，销售业务不开具发票，同时多采用现金交易，而税务机关又无法从其他合法渠道获取纳税人生产经营的具体资料，在检查中难以真实地核实其经营收入。

　　在无帐簿可查的情况下，税务人员受征收方式、人员素质等条件影响，对税源调查的深度，核定的依据和方法很难做到一致，于是造成地区之间、行业之间的税负差异，产生了核定纳税定额的随意性，客观上削弱了税法的刚性。

　　4、发票管理难。大多数的个体业户经营活动不规范，在发票的使用管理上存在问题较多，在进货时不索取发票，销售业务不开具发票，尤其普通发票使用上，存在“大头小尾”开票、不开发票等现象，使发票这一购销活动商事凭证、税款计征和审核的重要依据、财务收支建帐的法定凭证在这里失去效用。

　　5、部门配合难。《税收征管法》明确规定工商、国、地税部门要加强部门间的信息共享，但在实际工作中信息共享没有得到切实落实，部门与部门之间各自为阵。其表现：在登记方面有的纳税人办理了工商登记，但未办理国、地税登记；有的是办理了国税登记，未办理地税登记；有的办理了地税登记，未办理国税登记；在核定应纳税销售额方面，国、地税部门对纳税人征收的不同税种，虽然都通过调查核实纳税人的应纳税销售额，但是信息不能共享，造成部门与部门之间对同一纳税人核定应纳税销售额出现不同的核查结果。

　　6、征纳关系融洽难。征纳双方作为一对矛盾的统一体，一方面，虽然纳税人是社会财富的直接创造者，但由于受经济利益的驱动，在纳税问题上存在着少报、瞒报、少缴或不缴现象，甚至还有个别纳税人存在着刻意偷、逃、