在埃及政治动荡爆发之初,穆兄会为避免“篡夺革命成果”之嫌,奉行“参与但不主导”(Participation, not domination)的政策,声称将不参与总统选举。但在今年初赢得议会选举的胜利后,穆兄会一改初衷,于4月1日推举其副主席沙特尔(Khairat El-Shater)参选。由于沙特尔2011年3月刚从监狱获释,不符合候选人至少六年内未曾入狱的规定,穆尔西作为替补,以自由和正义党主席的身份加入选战,成为最后一个获得资格的候选人。
2011年11月,代理总理希尔米(Ali al Selmi)向一些政府官员散发了后来被媒体称做“希尔米文件”的材料,试图定义高于宪法的“立宪原则”,规定最高军事委员会有否决从制宪委员会诞生的新宪法的权力,总统和议会无权监督军队的预算。这份被认为是军事委员会试探民意的材料,最终以数万人在解放广场游行示威结束。此后,修宪再无重大进展。