19世纪初,当整个拉丁美洲革命运动蓬勃发展的时候,巴拉圭并没有和邻近地区那样,到处酝酿着这反对西班牙统治的独立运动,二是继续恪守本分地过着自己的原有的生活。1810年5月亚松森的上司布宜诺斯艾利斯宣布独立,接管原西班牙拉普塔拉塔总督的权力,并要求总督区内各省加入独立后的阿根廷共和国,但属于拉普塔拉塔总督区的巴拉圭省长贝拉斯科拒绝了要求。为了迫使巴拉圭接受这一要求,布宜诺斯艾利斯派遣贝尔格诺将军(英阿马岛战争被击沉的阿根廷的巡洋舰贝尔格拉诺将军号就是纪念此公)率军进入巴拉圭,1811年1月,迎接阿根廷著名将军贝尔格拉诺率领的拉普拉塔联合省革命军的不是鲜花,而是被仍然效忠于西班牙政府的巴拉圭民兵利用巴国内复杂的地形击败。1811年5月14日,迫于形势,巴拉圭人发达起义驱逐省长贝拉斯科,组织了“洪他”(junta委员会)。6月,巴拉圭省议会宣布脱离西班牙统治,成立独立的巴拉圭共和国。1813年10月通过共和国第一部宪法。1814年,巴拉圭首任独裁者卡洛斯.安东尼奥.洛佩斯(Carlos Antonio López)要求阿根廷独裁者罗萨斯承认巴拉圭为独立国家,放弃巴拉圭加入阿根廷的要求,但却一直遭到布宜诺斯艾利斯的拒绝,巴阿关系因此长期紧张。
巴拉圭战争的起因是多方面的,首先,是巴拉圭与阿根廷、巴西在领土问题和拉普塔水系通航问题上长期存在争执。1814年,巴拉圭独裁者卡洛斯.安东尼奥. 洛佩斯要求阿根廷独裁者罗萨斯承认巴拉圭为独立国家,放弃巴拉圭加入阿根廷的要求遭到拒绝后。巴拉圭方面的反制措施就是与由阿根廷国内分离主义分子控制的科连特斯省订立了条约,阿根廷以加紧对拉普塔河的封锁作为回应。两国关系一直比较紧张。由于巴拉圭是内陆国家,其对外贸易通过巴拉圭河经巴拉那河再经拉普拉塔河(Río de la Plata)出海,强大起来的巴拉圭妄图扩大版图获取出海口。1845年12月4日,洛佩斯在巴西的支持下对阿根廷宣战,第一次巴拉圭战争爆发。巴军沿拉普塔河而下,妄图和吞并科连特斯省。但遭到阿根廷军队和当地人的联手阻击,被迫退回国境,随后与1846年6月接受美国调停。巴拉圭与巴西也同样存在领土争议,并由来已久。巴西为了通航到马托格罗索州(位于当时巴西、巴拉圭、玻利维亚三国边境,从巴西经济腹地巴西沿海到马托格罗索省需要穿过全球最大的热带雨林阿马孙河流域以及数座高山十分不方便,最佳的办法是从巴西南部的格兰德河南下到巴拉圭的耶格雷斯,在沿巴拉圭河北上),要求能获得在拉普塔河支流巴拉圭河自由航行的权利,遭到巴拉圭的强烈反对。巴西对巴拉圭北部地区有领土要求,多次提出两国的边界应以阿帕河为界,巴拉圭表示拒绝。1856年4月,两国签订条约,规定在6年内讨论巴拉圭河、巴拉那河自由航行问题并裁决两国边界。但在此期间,两国不断发生边境冲突。巴拉圭的独裁家族洛佩斯家族一再扩充军队,巴西也在布兰科河北面的马托格罗索州加强防卫。双方的大规模军事冲突一触即发。